«Μου γράφεις ένα μπουγιουρντί, λέγεις να προσκυνήσω. Κι εγώ, πασά μου, ρώτησα τον πούτζον μου τον ίδιον κι αυτός μου αποκρίθηκε να μην σε προσκυνήσω κι αν έρθεις κατ’ επάνω μου, ευθύς να πολεμήσω»
Πέθανε τον Απρίλιο του 1827, ανήμερα της ονομαστικής του εορτής, μετά από τραυματισμό του σε μία συμπλοκή, στην περιοχή του σημερινού Φλοίσβου (Νέου Φαλήρου).
Κανείς δεν είπε με βεβαιότητα ποιός τον πυροβόλησε. Έλληνας ή εχθρός; Πολλοί συγγραφείς-ερευνητές μιλούν για δολοφονία οργανωμένη από τον Μαυροκορδάτο, αλλά τα στοιχεία είναι ελλιπή.
Ο Καραϊσκάκης, όταν τον ρώτησαν ποιος ήταν ο δολοφόνος του, αν κι ετοιμοθάνατος, φέρεται να είπε: «Ξέρω ποιος το ‘κανε. Ας ζήσω και θα μου κλάσει τον μπούτσον».
Όταν ο Κολοκοτρώνης έμαθε τον θάνατο του Καραϊσκάκη, έκατσε και άρχισε να μοιρολογά «σαν γυναίκα».
Ίσως τον Καραϊσκάκη να τον λάβωσε θανάσιμα χέρι εχθρού κι όχι Έλληνα, αλλά και μόνο η πίστη πολλών, πως σκοτώθηκε από ελληνικό όπλο, δείχνει πόσο βαθιά ήταν η αρρώστια του διχασμού, που στοίχισε πολύ στην επανάσταση και προφανώς μας στοιχίζει ακόμη.