Μετά το θάνατο του μονάρχη το καλοκαίρι του 1993, το βελγικό στέμμα πέρασε στον Αλβέρτο ΙΙ, αδελφό του Βαλδουίνου και μετά την παραίτηση του τελευταίου στον ανιψιό του Φίλιππο.
Ο γάμος της το 1960 με τον Βαλδουϊνο θεωρήθηκε ως ένα θεμελιώδες γεγονός για τη βελγική μοναρχία.Η εφημερίδα «La Libre Belgique», κυκλοφόρησε με τίτλο«πέθανε η μητέρα όλων των Βέλγων».
Τα τελευταία χρόνια, ωστόσο η βασιλική οικογένεια της χώρας δέχθηκε αρκετές επικρίσεις για τις διατάξεις που ψηφίσθηκαν προκειμένου να μην φορολογούνται. Το σκάνδαλο ανάγκασε τον Πρόεδρο της βελγικής κυβέρνησης, Έλιο ντι Ρούπο να προχωρήσει στη μεταρρύθμιση του συστήματος χρηματοδότησης της βασιλικής οικογένειας και να μειώσει τον προϋπολογισμό της.
Τον τελευταίο καιρό οι ανησυχίες για την υγεία της βασίλισσας είχαν ενταθεί. Ήδη το 2012, η βασίλισσα Φαμπιόλα του Βελγίου παρακολούθησε το γάμο του Διαδόχου του Λουξεμβούργου και εμφανίστηκε ιδιαίτερα κουρασμένη και αποδυναμωμένη.
«Ο Βασιλιάς Φίλιππος, η Βασίλισσα Ματίλντα και τα μέλη της βασιλικής οικογένειας ανακοινώνουν με μεγάλη θλίψη τον θάνατο της Αυτού Μεγαλειότητας Βασίλισσας Φαμπιόλα το απόγευμα στο Κάστρο Στιβενμπεργκ, στις Βρυξέλλες». Με αυτό το σύντομο σημείωμα που εκδόθηκε από το Παλάτι λίγο πριν από τις 8 μ.μ. την Παρασκευή στη βελγική πρωτεύουσα και μεταδόθηκε αμέσως από τα πιο γνωστά ηλεκτρονικά μέσα ενημέρωσης, την τηλεόραση και το ραδιόφωνο, έκλεισε ένα κεφάλαιο της βελγικής μοναρχίας που κυριάρχησε κατά το δεύτερο μισό του περασμένου αιώνα.
Πάρα πολύ δημοφιλής κατά τη διάρκεια των 33 χρόνων που ήταν δίπλα στον βασιλιά και εξαιρετικά αμφιλεγόμενη τα τελευταία χρόνια, λόγω του σκανδάλου η Φαμπιόλα θα μείνει στην ιστορία ως ένα σύμβολο της χώρας.